В этом задании я работала с объектом 7B6L в пакете python- ProDy.
Ссылка на PDB:
Были найдены остаток и средний B-фактор атомов которого максимален и остаток, B-фактор атомов которого минимален. Минимальное значение B-фактора оказалось у остатка валина VAL 463 в B цепи. Максимальное значение- у тирозина. Такие значение получились из-за того, что, как видно на картинке, валин находится в структурированной части белка, рядом много альфа-спиралей, соответсвенно значение B-фактора низкое. А для тирозна наоборот, для него B-фактор высокий, так как он расположен в намного менее структуриованной части белка, где-то на поверхности.
Для каждого остатка белка понадобилось посчитать средний B-фактор по атомам, а также его центр масс. Затем я посчитала значения для центра масс всего белка и для всех остатков расстояние от центра масс до центра масс белка.
В целом можем заметить, что с увеличением расстояния растет значение для B-фактора. Так происходит из-за того, что чем ближе остатки к наружной части белка, тем подвижнее они могут перемещаться, из-за чего их расположение становится неточным.
Как работает восстановление функции электронной плотности по экспериментальным данным